Os microorganismos, como fungos e bactérias, estão presentes no meio ambiente é até no organismo dos animais, compondo a microbiota natural.Quando há um desequilíbrio no organismo ocorre o favorecimento do crescimento pronunciado destes ou mesmo a colonização por outros contaminantes, caracterizando a infecção.
Comumente são encontrados Staphylococcus spp., Corynebacterium spp. e E. coli na pele e secreção otológica. Em urina, fezes e outras secreções as enterobactérias são predominantes no cultivo bacteriológico. Já os fungos representam uma parte contaminante e oportunista na microbiota, principalmente presentes em pele e mucosas. Os representantes patogênicos mais encontrados são Microsporum canis e Sporothrix sp. Malassezia spp. e Candida spp. são leveduras comensais de pele, mucosas, trato urogenital e digestório.
A suspeita clínica de alguma infecção bacteriana/fúngica pode ser confirmada através da cultura. Se houver o crescimento de algum microorganismo é feito o antibiograma, que determina o antibiótico eficaz para o tratamento da infecção. A coleta deve ser realizada sem contaminações, em meio de transporte e armazenamento específicos (Stuart, Cary Blaire e coletor estéril).
São exames detalhados que dependem do crescimento bacteriano/fúngico, o que leva um tempo maior para a liberação dos resultados.
